Juno está diseñada para el estudio de la atmósfera, el origen, estructura, y evolución del gigante gaseoso, y así comprender mejor la formación de este y la del propio Sistema Solar. Su objetivo se centra en la creación de un estudio y mapa de gravedad, campos magnéticos y atmósfera. La sonda seguirá una órbita polar alrededor del planeta Júpiter, que le permitirá una mayor protección contra la radiación que emite Júpiter para posteriormente adentrarse a través de las densas nubes atmosféricas por primera vez y ver si realmente está constituido por un núcleo rocoso o es eminentemente gaseoso.
